Isle of Dogs fortæller historien om Atari, en 12-årig dreng i den korrupte borg-mester Kobayashis varetægt. Da alle hunde i Megasaki City forvises til en enorm losseplads-ø, tager Atari afsted i et miniature Junior-Turbo propelfly og flyver til Trash Island for at finde sin forsvundne bodyguardhund, Spots. Med assistance fra en flok umage hundevenner påbegynder han en episk rejse, der vil få afgørende betydning for Megasaki Citys fremtid.
Wes Andersons har instrueret denne stop-motion animerede film, der er proppet med kendte skuespillerstemmer.